Ο Γιάννης Βαληνάκης έχει γράψει δεκάδες βιβλία και επιστημονικά άρθρα που δημοσιεύθηκαν στην Ελλάδα και το εξωτερικό σε τέσσερις γλώσσες. Ανάμεσα στα βιβλία του ξεχωρίζουν οι παρακάτω μονογραφίες και μελέτες:
1.Έξοδος από την κρίση: εφαρμόσιμες εναλλακτικές προτάσεις, Αθήνα: Εκδ. Παπαζήση, 2014 (με Π. Καζάκο και Ν. Μαραβέγια)
2.Greece’s European Policy Making, London: London School of Economics, European Institute 2012
3.Ελληνική Εξωτερική και Ευρωπαϊκή Πολιτική 1990-2010, Αθήνα: Εκδ. Σιδέρης, 2010 (επιμ.)
4.Εισαγωγή στην Ελληνική Εξωτερική Πολιτική, Eκδ. Σιδέρης, 2004 (α’ έκδοση: Παρατηρητής 1989)
5.Διεθνείς Σχέσεις και Στρατηγική στην Πυρηνική Εποχή, Θεσσαλονίκη: Εκδ. Παρατηρητής, 2001 (με Κ. Μπότσιου)
6.The Black Sea Region: Challenges and Opportunities for Europe, Paris: Western European Union, Institute for Security Studies, 1999
7.La Région de la Mer Noire: Défis et opportunités pour l’Europe, Paris : Union de l’Europe Occidentale, Institut d’ Etudes de Sécurité, 1999 (γαλλική μετάφραση)
8.Averting Conflict in Cyprus through Accession to the EU, Brussels- Ebenhausen: Stiftung Wissenschaft und Politik (SWP) – Conflict Prevention Network (CPN), 1999
9.Με όραμα και πρόγραμμα: Εξωτερική πολιτική για μια Ελλάδα με αυτοπεποίθηση, Θεσ/νικη: Εκδ. Παρατηρητής, 1998
10.Επετηρίδα Αμυντικής και Εξωτερικής Πολιτικής 1997, Αθήνα-Θεσσαλονίκη: ΕΛΙΑΜΕΠ-Εκδ. Παρατηρητής (επιμέλεια ετήσιας έκδοσης από το 1992 έως το 1997)
11.Το Ζήτημα των Σκοπίων: Απόπειρες για Αναγνώριση και η Ελληνική Στάση, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ – Εκδ. Ι. Σιδέρη, 1996 (2η έκδοση) (επιμ. με Σωτήρη Ντάλη)
12.The Black Sea Economic Cooperation, Athens: ELIAMEP, 1996 (με S. Karaganov)
13.Defence Strategy in A World in Transition, Athens, ELIAMEP, Defence Studies, 1995
14.Greece’s Security Policy in the Post- Cold War Era, Ebenhausen: Wissenschaft und Politic, Forschungsinstitut fur Internationale Politic und Sicherheit, 1994
15.Οι σχέσεις της Σοβ. Ένωσης με την Ελλάδα και Τουρκία, 1974-1990, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, Ειδικές Μελέτες, 1993
16.Greece and the CFE (Conventional Forces in Europe) Negotiations, Ebenhausen: Stiftung Wissenschaft und Politik, 1992
17.Greece’s Balkan Policy and the ‘‘Macedonian Issue’’, Ebenhausen, 1992
18.Η ανάπτυξη βαλκανικής πολιτικής της Ευρωπαϊκής Κοινότητας και η Ελλάδα: το πολιτικό πλαίσιο, Αθήνα: Ελληνικό Κέντρο Ευρωπαϊκών Μελετών, 1992
19.Οι Διαπραγματεύσεις CFE και η Ελλάδα, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ 1992 (επιμ. με Θεόδωρο Κουλουμπή)
20.Η Ευρωπαϊκή Πολιτική και Αμυντική Συνεργασία: Η νέα ευρωπαϊκή ‘‘αρχιτεκτονική’’ και η Ελλάδα, Αθήνα: Εκδ. Παπαζήση, 1991
21.Εισαγωγή στην πυρηνική στρατηγική, Θεσ/νικη: Εκδ. Παρατηρητής, 1991
22.Η Ελλάδα στις Διεθνείς Σχέσεις 1990-91, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, 1991 (επιμ.)
23.Η αμυντική πολιτική των Βαλκανικών κρατών, Αθήνα: Παπαζήσης, 1991 (επιμ. με Θ. Βερέμη)
24.Θέματα Διεθνών Σχέσεων, Θεσ/κη: Εκδ. Παρατηρητής, 1990
25.Η σημερινή Γιουγκοσλαβία – Προβλήματα – Προοπτικές, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, 1990 (επιμ. με Θ. Βερέμη)
26.Εισαγωγή στην Ελληνική Εξωτερική Πολιτική, 1974-1989, Θεσ/κη: Εκδ. Παρατηρητής, 1989
27.U.S. Bases in the Mediterranean: the cases of Greece and Spain, Athens: ELIAMEP, 1989 (ed. with T. Veremis)
28.Κυπριακή Άμυνα, τομ. Α’, Αθήνα-Λευκωσία: ΚΥΜΕΜ, 1989 (επιμ. με Ν. Κουτσού)
29.The Southeast European Yearbook 1988, Athens: ELIAMEP, 1989 (ed. with T. Veremis)
30.Η ασφάλεια της Ευρώπης και η Ελλάδα, Αθήνα: ΙΠΟΜΕ, 1988
31.Εισαγωγή στις διεθνείς διαπραγματεύσεις, Θεσ/κη: Εκδ. Παρατηρητής, 1988
32.Εθνική άμυνα και εξωτερική πολιτική, 1974-1987, Η Ελλάδα στο σύστημα Ανατολής – Δύσης, Θεσ/νικη: Εκδ. Παρατηρητής, 1988
33.Οι επιπτώσεις του πολέμου Ιράν – Ιράκ στη Μ. Ανατολή και στην Μεσόγειο, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, Πρακτικά Συνεδρίου, 1988 (επιμ. με Θ. Βερέμη)
34.Εισαγωγή στην ιστορία της ελληνικής εξωτερικής πολιτικής, 1949-1974, Θεσ/νικη: Εκδ. Παρατηρητής, 1987
35.Ελληνικά Προβλήματα στον αέρα από διπλωματική, στρατιωτική, τεχνική και νομική σκοπιά, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, Πρακτικά Συνεδρίου, 1987 (επιμ. με Θ. Βερέμη)
36.Ελληνικά αμυντικά προβλήματα, Αθήνα: Εκδ. Παπαζήσης, Ελληνικό Ινστιτούτο Διεθνών και Στρατηγικών Ερευνών, 1986 (επιμ. με Θ. Βερέμη)
37.Από τη Λωζάνη (1929) ως το Παρίσι (1947) – Η ισχύς και το κύρος των Συνθηκών, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, Πρακτικά Συνεδρίου, 1986 (επιμ. με Π. Κίτσο)
38.Ελληνο-τουρκικές σχέσεις, Αθήνα: ΕΛΙΑΜΕΠ, Πρακτικά Συνεδρίου, 1986 (επιμ. με Θ. Βερέμη)
39.Πυρηνική στρατηγική και ευρωπαϊκή ασφάλεια, Αθήνα, 1984
40.European Security: A survey of National Perceptions and Policies, New York: Institute for East – West Security Studies, vol. I, The Balkan Countries, 1984
41.Ο έλεγχος των εξοπλισμών και οι διαπραγματεύσεις SALT, Αθήνα: Ναυτική Σχολή Πολέμου, 1982
42.Τα ευρωστρατηγικά όπλα, Αθήνα: Ναυτική Σχολή Πολέμου, 1982
43.Η στρατηγική αξία του περσικού Κόλπου και τα συμφέροντα των Υπερδυνάμεων, Αθήνα: Ναυτική Σχολή Πολέμου, 1982
44.La stratégie de la Grèce en vue de l’adhésion à la CEE, 1974-1981, Διδακτορική Διατριβή, Πανεπιστήμιο Παρίσι – 1, (Pantheon-Sorbonne), 1981
45.La Grèce dans la Communauté Européenne: repercussions sur la politique grecque de securité, Διατριβή DEA en Politique de Defence, Universite de Paris – 1, 1980
46.La politique soviétique à l’égard de la Turquie, 1964-1979, Διατριβή DEA en Politique Internationale, Universite de Paris – 1, 1979
47.Die Tatigkeit der Vereinten Nationen auf dem Gebiet der Dekolonisierung – am Beispiel Zyperns und des Konflikts am Horn von Afrika, Ινστιτούτο Μαξ Πλάνκ Δημοσίου Διεθνούς και Αλλοδαπού Δικαίου του Πανεπιστημίου Χαϊδελβέργης, 1978
48.Internationale Beziehungen in Sudasien, Ινστιτούτο Νότιας Ασίας του Πανεπιστημίου Χαϊδελβέργης, 1978
Δημοσίευσε επίσης δεκάδες επιστημονικά άρθρα και μελέτες στην Ελλάδα και το εξωτερικό, σε τέσσερις ξένες γλώσσες (αγγλικά, γερμανικά, γαλλικά, ιταλικά). Συμμετείχε, επίσης, σε δεκάδες διεθνή συνέδρια, επιστημονικές συναντήσεις και ημερίδες ως ομιλητής ή με ανακοινώσεις.
Πιο πρόσφατη έκδοσή του είναι το
H Ελλάς των Τεσσάρων Θαλασσών
Το σχέδιο Ελλάς επί τέσσερα
Εκδόσεις Ι. Σιδέρης – Μάρτιος 2020
